安徽中醫藥大學圖書館古籍部始建於一九五九年，曆六十載之發展，二〇一〇年獲評為第三批“全國古籍重點保護單位”。二〇一五年古籍部入選首批“安徽省古籍重點保護單位”。二〇一九年十月遷入少荃湖校區，位居學校圖書館五層，建築面積約三千六百平米。現設編目室、研究室、整理室、修復室等辦事與技術機構，及閱覽展示區、善本書庫、普本書庫、民國書庫等功能區域。

古籍部藏書宏豐，品位上乘。有各類線裝書三萬三千餘冊，三分有二為中醫藥之屬。據《中國中醫古籍總目》著錄統計，古籍部館藏中醫藥古籍之數量，居華東各中醫館第三位，全國各中醫館第八位。古籍部所藏新安古醫籍計有二百九十三種，占全國現存新安醫籍十分之六七，彰顯學校弘揚新安醫學之辦學特色。