行政系列:
校办(党办)、外事办 组织-人事部 宣教统战部 纪委监察室 教务处 研究生部 科研处 学生处  财务处 审计室 产业处 后勤管理处 保卫处 后勤集团   离退休人员管理处 工会 团委 网络信息中心
院系系列:
中医临床学院 针灸骨伤临床学院 中西医结合临床学院 药学院 护理学院 医药经济管理学院 医药信息工程学院 社会科学部 成人教育学院
直属附院:
第一附属医院(安徽省中医院) 第二附属医院(附属针灸医院) 安徽中医学院中西医结合医院
科研系列:
神经病学研究所 计算机中医应用研究所 针灸经络研究所
校友园地:
中医81级校友 中医82级校友 中医88届校友 针灸骨伤临床学院校友